Os aplicativos de inicialização são definidos por arquivos .desktop que vivem em ~ / .local / share / autostart, de acordo com o Especificação de início automático do aplicativo de área de trabalho .
Eles são uma configuração opcional para limitá-los a um ou mais ambientes de área de trabalho, por exemplo
OnlyShowIn=GNOME;XFCE;LXDE;
Como alternativa, você pode usar
NotShowIn=...
para excluir este aplicativo dos ambientes de área de trabalho listados.
Apenas uma dessas chaves, OnlyShowIn ou NotShowIn, pode aparecer em um único arquivo .desktop. (Essa foi uma citação direta da especificação.)
Infelizmente, não sei ao certo o que você está fazendo como um ambiente de área de trabalho separado ...