Quando a inicialização dupla, há sempre a sugestão, para instalar o Windows e Ubuntu depois. O Windows geralmente destrói o GRUB e geralmente torna as coisas complicadas.
O site fornece uma detalhada tutorial passo a passo o que fazer com o disco de instalação do Windows. Como é um problema do Windows, sugiro que você o manipule no Windows conforme sugerido lá.
Você pode instalar o Ubuntu posteriormente em sua unidade de 32GB. Eu acho que será o caminho mais fácil. Se você ainda tiver problemas relacionados ao Ubuntu, sinta-se à vontade para voltar aqui.