Eu tive o mesmo problema com o Nautilus, não permitindo que eu definisse o acroread como o padrão para arquivos pdf. Talvez você possa usar algo como eu fiz para consertar as coisas. Como você, mimeopen funcionou bem.
aplicativo padrão de consulta xdg-mime / pdf # mostra associação atual
xdg-mime default /usr/share/applications/acroread.desktop application / pdf
Isso também fez o firefox abrir meus links de pdf com o acroread, que era o meu objetivo real, porque o padrão evince "Document Viewer" não abre painéis de abas e abertura 10+ visualizadores separados com a área de trabalho do Unity é doloroso.
Talvez um uso similar do xdg-mime possa consertar sua configuração também?