Problema (sorta) resolvido.
Percebi que o Wine realmente não precisa de um ícone de aplicativo, pois ele é basicamente usado apenas uma vez para cada aplicativo do Windows.
Portanto, não é grande coisa invocar o Wine usando o winecfg "de um terminal , configurar o aplicativo do Windows e pronto.
Em seguida, o (s) aplicativo (s) do Windows aparecerá na lista de aplicativos do Ubuntu.
Basta lembrar como invocar o vinho!