Curiosamente, após a emissão dos comandos acima, uma reinicialização corrigiu, ao recarregar o ambiente de desktop, não.
Então, para qualquer um que encontre isso, defina suas configurações preferidas usando:
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-applications "[]"
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-applications-backward "[]"
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-windows "['<Alt>Tab', '<Super>Tab']"
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-windows-backward "['<Alt><Shift>Tab', '<Super><Shift>Tab']"
E reinicie.