Alterando para hebraico (segundo item na lista de fontes):
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 1
Alterando para o inglês (EUA) (primeiro item da lista de fontes):
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 0
Nota: Isto não se aplica a partir do Ubuntu 17.10, já que ele usa o GNOME e as chaves para o propósito são um pouco diferentes.
Editar:
Alterando o atalho para alternar a fonte de entrada para "Shift + Alt L":
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source "['<Shift>Alt_L']"