Eu tenho exatamente o mesmo problema! No Ubuntu 16.04 e no kernel 4.13.0-36-genérico. o post está aqui: Mouse e teclado USB externos param de funcionar repentina
Eu não encontrei uma solução, tentei algumas coisas, mas nada aconteceu.
Poderia ser um problema com as pilhas de ativação no Ubuntu 16.04? link
verifique isso: Teclado e mouse que não respondem após a suspensão
o que eu faço é suspender o sistema, ligá-lo e o problema desaparece. No entanto, depois de um tempo, aparece novamente, então estou suspendendo novamente ... isso é frustrante