É porque o Linux armazena tempo como UTC e windows como Local.
Você pode fazer o Linux usar o horário local ou o Windows usar o UTC.
Para fazer o Linux usar a hora local, edite / etc / default / rcS e mude UTC = yes para UTC = no
Para fazer o Windows usar o UTC, crie um novo arquivo chamado UTC.reg com o seguinte conteúdo:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\TimeZoneInformation]
"RealTimeIsUniversal"=dword:00000001
e abra-o com o regedit no windows.