Descobrimos que houve um problema com as permissões desse arquivo. Configurando-o para 644, resolveu o problema.
Eu tenho um IntelliJ IDEA instalado já há algum tempo no meu computador e hoje atualizei para uma nova versão. Depois de fazer isso, eu quis atualizar minha entrada do .desktop para este aplicativo no ~/.local/applications/jetbrains-idea.desktop . A única coisa que mudei é o número na pasta que define a versão. Depois de salvar o arquivo, o ícone do Iniciador com favoritos desaparece. Eu não posso encontrá-lo em qualquer lugar, não está listado em todos os aplicativos nem. Onde poderia estar o problema? Copiar o arquivo .desktop para /usr/share/applications/ não ajudou, redefinir o conf do Gnome para os padrões não ajudou. Eu não sei mais o que tentar.
jetbrains-idea.desktop :
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Name=IntelliJ IDEA
Icon=/home/martin/Downloads/idea-IU-173.4301.25/bin/idea.png
Exec="/home/martin/Downloads/idea-IU-173.4301.25/bin/idea.sh" %f
Comment=The Drive to Develop
Categories=Development;IDE;GNOME;
Terminal=false
StartupWMClass=jetbrains-idea
A única coisa que eu mudei antes de desaparecer foram as linhas 'Icon' e 'Exec', onde mudei o número da versão. E sim, eu verifiquei, realmente existe. Estou usando o Ubuntu 17.10.
Obrigado pela sua ajuda.
Descobrimos que houve um problema com as permissões desse arquivo. Configurando-o para 644, resolveu o problema.