apt somente substituirá o pacote atual de algo se houver um pacote mais novo. As atualizações que chegam agora provavelmente serão para versões anteriores. Ele não fará o downgrade a menos que faça algo espetacularmente bobo com o controle de versão.
A versão de bloqueio não é tão inteligente quanto parece. É para fazer o que diz na lata, trancar a versão ... Mas isso só a trava dentro do Synaptic. Qualquer outra coisa que faça upgrades de pacotes (leia-se: Update Manager, apt-get, aptitude, etc) ignora isso. Este é provavelmente um comportamento defeituoso, então eu esperaria que isso fosse corrigido no tempo.
Mas para impedir que as coisas sejam atualizadas, você quer "segurá-lo". Para fazer isso, carregue o aptitude, encontre o pacote ( / é a chave rápida para pesquisa, n encontra a próxima instância) e pressione h para mantê-lo. Isso é muito mais respeitado do que o recurso de "bloqueio" do Synaptic.
Edit: Outra maneira de fazer isso através da linha de comando é executando isto:
sudo -i
echo <package-name> hold | dpkg --set-selections
Mas, como comecei, não acho que você precise fazer isso em suas circunstâncias. Desde que você esteja usando uma versão do pacote que seja claramente mais nova que as versões estáveis atuais (e não é apenas um número de compilação aleatória - você pode ver no Synaptic), você estará bem.