Eu tive o mesmo problema, removi todos os aplicativos de inicialização e os adicionei novamente na sessão do gnome. Funcionou para mim.
Tudo estava funcionando bem até ontem, quando eu instalei o KDE Plasma no meu desktop Ubuntu 17.10. Eu tenho um monte de aplicativos de inicialização que eu defino para iniciar o meu login. Depois de instalar o KDE, reiniciei meu sistema e mudei o ambiente de desktop para o Plasma e me conectei. Tudo parecia bem. Hoje comecei meu PC e me conectei com o GNOME como ambiente de desktop, e nenhum aplicativo de inicialização foi iniciado. Eu fiz o logout e mudei o ambiente de desktop para o Plasma e novamente entrei, e os aplicativos de inicialização foram iniciados. Então, novamente eu fiz logout e login com o GNOME, nenhum dos meus aplicativos de inicialização foram iniciados. Eu reiniciei e repeti novamente as coisas e também tentei com outros ambientes de desktop.
O problema que eu realmente encontrei foi que os aplicativos de inicialização só iniciam quando eu faço o login com o Plasma e não com qualquer outro ambiente de desktop. Agora, é muito agitante que, se você quiser iniciar sua sessão com um ambiente de desktop diferente do plasma, os aplicativos de inicialização não serão iniciados. Precisa de ajuda urgente. Como corrigir esse problema?
Eu tive o mesmo problema, removi todos os aplicativos de inicialização e os adicionei novamente na sessão do gnome. Funcionou para mim.