Eu abri um arquivo pdf no xournal e o editei usando uma caneta. Depois de salvar como um arquivo xournal, com a extensão .xoj, selecionei exportar como .pdf no menu de arquivos.
Quando fui abrir o novo arquivo no visualizador de pdf e no xournal, tudo o que era visível eram as marcas de edição que eu havia feito e nenhum do documento original.
Estou usando o Ubuntu 16.04.
Em vez de abrir o arquivo .pdf diretamente, selecionei "annotate pdf" no menu "file". Isso abriu uma caixa de diálogo que me permitiu escolher o arquivo para editar. Feito isso, a exportação como .pdf resultou no arquivo completo - original e edição - para ser visualizado.
(Deixando isto aqui, caso alguém mais encontre este problema.)