Eu resolvi isso depois de muitas tentativas ao longo de vários meses com descanso entre os dois. Da tela de login eu fui para TTY1 e logado como sudoer. Então eu não pude instalar o ecryptfs-utils por um longo tempo, o que acabou sendo causado provavelmente pelo Ubuntu não suportar mais o Wily. Então eu fui para /etc/apt/sources.list e mudei todas as instâncias da palavra wily para xenial e depois disso eu pude reinstalar o ecryptfs-utils. Talvez seja uma daquelas coisas que não deveriam funcionar, mas de fato aconteceu.