Isso mostra que o gvfs é iniciado automaticamente com a primeira instância do Nautilus (ainda não sei como, mas funciona).
Então, para reiniciar o gvfs, apenas mate todo o processo restante (matando o daemon gvfsd "master" é suficiente), certifique-se de que todas as instâncias do nautilus estão fechadas e abra uma nova.
killall gvfsd
nautilus -q # Close all Nautilus windows/instances
nautilus