Não tenho certeza se esta é a resposta exata, mas tenho uma configuração de desktop com 2 HDDs, um para Windows e outro para o Ubuntu. Eu tenho o padrão para o Ubuntu, mas precisa pressionar a tecla de menu de inicialização, se eu quiser inicializar no Windows para selecionar essa unidade específica. Isso pode ser porque o GRUB não está vendo o MBR do Windows no outro disco rígido ou se é apenas incompatível. Meu conselho, instale ambos no mesmo SSD, então é mais provável que o GRUB instale e veja ambos. Você pode formatar parte dos outros HDDs para o ext4 mais tarde, para que o Windows não os veja continuamente.