Por padrão, o pacote com o maior número de versão é instalado, independentemente de qual repositório vem, a menos que seu número de versão seja menor que a versão atualmente instalada do pacote (isso pode acontecer, por exemplo, se você baixou uma versão superior como um pacote .deb e a instalou manualmente). No caso improvável de vários repositórios terem a mesma versão (mais alta) de um pacote, o pacote é instalado daquele que aparece primeiro no arquivo sources.list .
Você pode mudar isso, no entanto, atribuindo uma prioridade diferente a alguns pacotes baseados em vários critérios. O parágrafo anterior é verdadeiro com as configurações padrão porque, por padrão, todos os pacotes têm prioridade 500. No entanto, se versões diferentes do pacote tiverem prioridades diferentes, a versão com a prioridade mais alta será instalada e os números de versão serão usados apenas como vinculados. disjuntores se várias versões tiverem a mesma prioridade (mais alta). Além disso, se o pacote de prioridade mais alta tiver prioridade de pelo menos 1000, ele será instalado mesmo que sua versão seja menor do que a versão atualmente instalada.
As prioridades são gerenciadas em /etc/apt/preferences e documentadas em man apt_preferences . Veja minha resposta aqui para um exemplo de como eles podem ser usados.