Ugh, geany é um programa horrível, eu prefiro usar outro ide, mas para responder sua pergunta, as cores de destaque da sintaxe padrão são definidas em /usr/share/geany/filedefs/filetypes.common na seção chamada
[named_styles]
Você pode editar / remover um ou mais, mas alguns são intuitivos, como cores
comment=0xd00000
há alguns que são um pouco estranhos, como
selection=0x000000;0xc0c0c0;false;true
e não tenho ideia do que eles realmente significam. Portanto, é um caso de tentativa e erro, mas você pode chegar a um simples tema branco sobre preto, removendo-os eventualmente.
Se você quiser apenas desabilitar o realce de sintaxe para certos tipos de arquivo, existe um mecanismo que permite sobrescrever os temas para cada tipo de arquivo, mas é entediante. Os arquivos de configuração de tipo de arquivo individuais estão no mesmo diretório.
Mas, para o seu propósito, você só quer hackear a seção [named_styles] no arquivo conf comum, que irá destacar o destaque da sintaxe em todos os tipos de arquivos.
EDIT: O outro método sugerido para você, ou seja, remover a extensão de arquivo dos arquivos de configuração do menu- > tools- > > filetype_extensions.conf terá o efeito de remover todas as funcionalidades que o ide fornece para esses tipos de arquivo, enquanto o método que eu sugeri afeta diretamente apenas o realce da sintaxe. Mas depende de você qual método você adota, dependendo do seu objetivo final.