Limitar a interface única é fácil, mas os limites de taxa global precisam de regras mais complexas, assim como as regras baseadas em aplicativos. Eu não estou dizendo que isso não pode ser feito, mas requer bastante um pouco para as partes internas da rede.
Aqui está uma rápida Como configurando um limite por interface
Se você realmente quiser configurar regras baseadas em aplicativos, procure em alguma estrutura de firewall, como shorewall , que possuem recursos auxiliares para configurar a modelagem. Mesmo com essas ferramentas, requer bastante planejamento e testes para colocá-lo no lugar. Fazer algo parecido com este ad-hoc ainda não é tão fácil assim.