Então, meu kubuntu 16.04 (+ repositório Neon LTE) foi atualizado para o novo HWE com o kernel 4.13 e agora as entradas de microfone e fone de ouvido são detectadas somente no momento da inicialização ou quando o sistema retorna da suspensão. pavucontrol exibe o microfone ou o fone de ouvido como conectado (desconectado) e não mudará quando você inserir ou remover os conectores. A única maneira de alterar esse estado é reinicializar ou suspender / retomar. Não tenho certeza se outra pessoa tem esse problema ou qual é a questão (onde devo denunciá-lo se ele tiver que ser relatado).
hdajacksensetest relata informações adequadas sobre o estado dos jacks.