Os diferentes arquivos mimeinfo.cache são preenchidos por update-desktop-database dos arquivos .desktop que você tem por aí.
No entanto, navegadores de arquivos e semelhantes parecem usar mimeapps.list arquivos. Manipular isso pode ser árduo, especialmente se algum aplicativo for ganancioso e se registrar com muitos tipos Mime que eu não quero ver.
O ideal seria alterar (ou substituir) os arquivos .desktop dos aplicativos ofensivos e as listas agregadas seriam atualizadas de acordo. Como se faz isso?