Acho quase certo que o Windows instalou seu próprio gerenciador de inicialização durante uma atualização do Windows, muito irritante. Eu acho que você está usando EUFI e não BIOS, confesso que configurando minhas máquinas para o BIOS legado porque eu estou mais familiarizado com isso. Eu dual boot multi linux OS e tenho reinstalado o grub em muitas ocasiões e eu sei como funciona com as partições BIOS e MBR.
No meu cenário, se eu quisesse reinstalar o bootloader grub no MBR e fazer com que ele armazenasse a configuração na partição 3, seria
inicialize a partir de um CD do Ubuntu
sudo mount /dev/sda3 /mnt
sudo grub-install /dev/sda --boot-directory=/mnt/boot
sudo umount /mnt
Reinicie
Realmente não tenho certeza se o EUFI trabalha com o grub de uma maneira totalmente diferente, mas ofereço essa informação como um possível ponto de partida.