Estou um pouco confuso com o que você quer dizer com "apenas uma pasta específica é tratada como minha pasta raiz no Google Drive, ou seja, apenas arquivos e pastas contidos na pasta especificada do Google Drive são sincronizados".
Você quer:
a) my_directory = seu root do Google Drive, enquanto eu leio a primeira parte da sua frase ou
b) my_directory = uma pasta chamada my_directory no google drive, como eu li a segunda parte.
É assim que eu alcanço b) (no meu caso, my_directory está em ~ / grive):
cd $HOME/grive
grive -s my_directory
Eu só tive que usar -a primeira vez btw.