É porque alguns aplicativos usam o framework GTK2, enquanto outros já atualizaram para o GTK3. As versões 2 e 3 do GTK são extraídas de diferentes folhas de estilo / usam diferentes partes internas do layout. Compare esta resposta: Como obtenho o mesmo estilo de barra de rolagem para os aplicativos gtk-2.0 e gtk-3.0?