Parece que o "outro sistema" era um sistema Windows. É possível que nesse sistema Windows você tenha criado um "atalho de criação" em vez de realmente copiar os arquivos? Os arquivos .lnk são a versão do Windows do link simbólico do Linux. Eles não significam nada no Linux.
Volte para esse outro sistema e copie os arquivos novamente.
FYI: links regulares são apenas dois nomes no mesmo disco para um único arquivo. Pense nisso como um apelido. Se você excluir um dos nomes, o arquivo ainda estará na pasta em que está o nome do link. Fisicamente, o arquivo não se moveu. O sistema acabou de criar outra entrada na nova pasta apontando para o local no disco onde os dados estavam e atualizou a contagem de links por um. Quando você exclui um nome, se a contagem de links for maior que um, a contagem de links é reduzida em um, mas o arquivo não é tocado. A única regra é que os dois nomes devem existir na mesma unidade.
Por outro lado, links simbólicos são apenas ponteiros para o arquivo, mesmo que o arquivo esteja em outro disco. Excluir o arquivo original (ou remover a unidade onde ele existe) faz com que o ponteiro aponte para nada. Então, quando você cria links simbólicos (criando atalhos), tudo o que ele faz é criar ponteiros na nova unidade. Ele funciona bem contanto que sua unidade com os atalhos e a unidade com o arquivo real estejam lá. No entanto, depois de mover esse pendrive, seus ponteiros não terão mais significado. Pense nos links simbólicos como encaminhamento do número de telefone. A operadora de telefone (sistema) vê um ponteiro para um novo telefone e acessa o novo telefone. Mas se a pessoa se livrar do novo número de telefone, não há como encaminhá-lo.