Tente executar este comando:
metacity --replace &
Isso fará com que funcione se você estiver usando o compiz. Se você quiser compiz de volta, digite:
compiz --replace &
e os cliques do mouse funcionarão novamente.
Se isso não funcionar para você, tente o seguinte: Como ativar o clique duplo
Por fim, também será uma boa ideia verificar se o mesmo mouse funciona em outro computador.
Espero que ajude, boa sorte!