Eu encontrei minha solução aqui .
As chaves privadas podem ser recuperadas movendo-se os arquivos .key da antiga para a nova chave-privada-v1.d e reiniciando o gnupg.
mv ~/backup/home/user123/.gnupg/private-keys-v1.d/*.key ~/.gnupg/private-keys-v1.d/
As chaves públicas podem ser restauradas dos servidores de chaves usando o keymanager enigmails.