Todas as ferramentas de particionamento usuais no Ubuntu preservarão partições existentes (incluindo seu número de partição) por padrão, garantindo que qualquer partição que você não modifique especificamente continue funcionando em outros sistemas operacionais, mesmo quando referenciada apenas pelo número de partição. Isso levaria passos extras para danificar ou alterar outras partições. Você só precisa garantir que não gere uma nova tabela de partição (que limpa todas as partições) e não apaga especificamente uma partição que deseja manter (ou uma partição estendida que a contenha).
Mesmo se você excluir acidentalmente uma partição ou gerar uma nova tabela de partição, a partição antiga ainda poderá ser recuperada criando uma partição com o mesmo número de partição e setores de início e fim (por exemplo, se você os anotar primeiro). A exclusão de uma partição em uma ferramenta de particionamento de disco baseada no Ubuntu não apagará os dados nessa partição.