Eu não uso Gnome Boxes; no entanto, eu simulei o diretório prefix para o WINE. Não há problemas com a pasta de prefixo sendo um simlink. Meu palpite é que vai funcionar o mesmo para você. Para a maioria das aplicações, os simlinks são transparentes.
os arquivos de configuração não devem ocupar muito espaço, então é o diretório de imagens que precisa de atenção.
Uma alternativa é fazer com que a partição seja montada em ~ / .local / share / gnome-boxes / images. Esta partição pode ser montada automaticamente. Se a unidade for desconectada quando você iniciar as caixas do Gnome, a VM pensará que não tem VMs.