Já tentou encapsular o (s) local (ais) que você chama neste script (no seu arquivo de configuração conky) com if_running
?
Da documentação :
if PROCESS is running, display everything $if_running and the matching $endif. This uses the ''pidof'' command, so the -x switch is also supported.
Por exemplo, você pode tentar assim: $(if_running vlc)<python script calls>$endif
.