Eu estava tendo o mesmo problema após a atualização para o 16.04. O que eu fiz foi alterar as permissões no gvfsd-smb-browse para que ele pudesse ser executado apenas como sudo ou root. Agora o gvfsd-smb-browse não roda na inicialização. Abaixo está como você pode alterar as permissões.
sudo chmod 744 /usr/lib/gvfs/gvfsd-smb-browse
Não tenho certeza se é uma solução real para o problema subjacente. Mas isso resolve o problema de uso da cpu não executando o gvfsd-smb-browse na inicialização.