Eu não resolvi este problema em 14.04, mas eu sei que esse indicador de teclado de bug. Após a mudança de layout, as configurações do xmodmap são redefinidas. Eu fiz um script que redefine as configurações depois de alterar o layout. Espero que seja útil para alguém realidades.
#!/usr/bin/env python
import os, dbus, gobject
from dbus.mainloop.glib import DBusGMainLoop
def event_handler(args):
if args == "com.canonical.indicator.keyboard":
os.system("xmodmap ~/.Xmodmap")
dbus.mainloop.glib.DBusGMainLoop(set_as_default = True)
bus = dbus.SessionBus()
bus.add_signal_receiver(event_handler,
dbus_interface="com.canonical.Unity.Panel.Service",
signal_name="ReSync")
loop = gobject.MainLoop()
loop.run()