Windowed é tão bom quanto eu tenho, eu tenho medo, mas para ser justo, fazê-lo de qualquer outra forma será tão lento, porque o sistema está renderizando mais. Ele está sobrepondo seu jogo em uma área de trabalho, bem como em outras áreas de trabalho descobertas e nesses aplicativos, então, é um pouco mais intensivo e isso prejudicará o desempenho do jogo.
Coincidentemente, eu também uso o Compiz para fazer certas janelas do tamanho da tela renderizar com dicas em tela cheia (para que elas apareçam acima do painel, sem decoração de janelas). Você pode fazer isso abrindo o CCSM ( compizconfig-settings-manager ), indo até as Regras da Janela, habilitando-o e inserindo uma regra para a janela do seu jogo.
Isso não ajudará no desempenho, apenas fará com que pareça o que você espera.