Infelizmente, isso não é configurável, mas você pode recuperá-lo manualmente, compilando manualmente a fonte unitária (por favor, envie um bug para pedir para adicionar uma opção, btw).
Como eu estava dizendo, você pode voltar a editar o arquivo BamfLauncherIcon.cpp mudando a linha: bool only_top_win = !any_urgent;
to bool only_top_win = true;
Eu sei que essa não é a melhor solução, mas como essa foi uma alteração tardia, não tivemos tempo de introduzir uma nova opção de ccsm.