Desativá-lo no Windows não afetará sua instalação do Linux.
Você deve ser capaz de desativá-lo do BIOS / EFI, evitando que ele seja ativado durante o POST.
Por exemplo, se você tiver gráficos integrados à CPU E uma placa gráfica dedicada, tente desabilitar a CPU integrada (ela se comporta bem estranha em alguns laptops).
Se isso não funcionar, desabilite os gráficos PCI e inicialize apenas com o material da CPU (você reativará sua placa PCI depois de instalar o driver apropriado)
Boa sorte