Oi junto com a mudança na lista de aplicativos padrão, você precisa de um pouco mais de trabalho.Você precisa instalar este pacote para organizar a sala na área de notificação.
Abra o seu terminal com ctrl + alt + T e digite isto
sudo apt-get install evolution-indicator
Em seguida, faça login novamente / reinicialize para aplicar as alterações.
PS: Se você não quiser usar o Thunderbird, é melhor desinstalá-lo.