Cada "prefixo" é uma base separada e limpa.
Substitua a palavra "prefixo" por "pasta" ou "diretório", se isso facilitar a compreensão.
Alguns aplicativos precisam de ajustes específicos na configuração do wine para funcionar bem ou, em alguns casos, em todos os casos. Então, você cria uma nova "pasta" e configuração para cada aplicação, para que elas não interfiram umas nas outras, já que alguns ajustes são necessários para fazer com que uma aplicação funcione, eles podem quebrar outra.
É aqui que entra algo parecido com o Playonlinux, pois pode ser tedioso, na melhor das hipóteses, administrar vários prefixos e, em alguns casos, versões diferentes do vinho.
Você não está duplicando instalações de vinhos na maioria dos casos, mas isso pode acontecer e, dependendo do aplicativo, algumas versões funcionam melhor do que outras.
Tente isso, WINE é como o seu ... hmm, "Wine Cellar", os aplicativos são instalados em frascos separados, ou seja, "prefixo", porque você não quer misturá-los e alterar as características do sabor. / p>
Espero que tenha feito algum sentido para mais do que apenas eu.