Existem razões técnicas para os navegadores fazerem isso e por que a alteração teria outras consequências.
Ao carregar um novo URL, o navegador não sabe se o novo URL será uma página da Web, um download de arquivo ou qualquer outra coisa, até que ele comece a receber a resposta. O cabeçalho da resposta indicará o tipo de arquivo e se ele deve acionar um diálogo de download de arquivo.
Se a resposta for um download de arquivo, a página da Web existente permanecerá na guia e uma caixa de diálogo de download de arquivo aparecerá além dela. Cancelar ou continuar com o download continuará mostrando a página da Web na guia.
Agora, esse comportamento pode ser modificado, mas isso significaria que, ao seguir um link, a página será limpa e ficará branca enquanto espera por uma resposta, e se a resposta for um download de arquivo, a página que solicitou não será mais lá - o navegador precisaria continuar exibindo-o como uma página em branco, fechar essa guia / janela ou acionar uma ação de "retroceder" e recarregar a página anterior. Estes partiriam das expectativas estabelecidas.