Posso confirmar que o uso do MacBook com a tela desligada e o monitor externo conectado praticamente resolveu tudo isso, e usar a ferramenta Compizconfig resolveu tudo completamente. Eu habilitei algumas configurações, como "Pesquisa de posição do mouse", mas não tenho certeza qual delas foi o verdadeiro culpado. Note que eu não reverti nenhuma mudança do blog mencionado na questão - mesmo que eu veja mensagens de "temperatura central acima do limite, clock do processador acelerado" no log do sistema durante a compilação de código, a experiência do usuário final não é afetada por isso.