Sua Pilha de Ativação de Hardware no Ubuntu 16.04 fornece o kernel 4.10 ... mas os documentos da Intel para CUDA ( Instruções ) o apoio do estado para o Ubuntu 16.04 para o kernel 4.4 ... (para CUDA 9, então 8 seria similar).
O Ubuntu 14.01.1 ISO vem com o kernel 4.4 ... series. Se você reinstalar a partir desse ISO, você obterá o kernel suportado. Isso provavelmente seria mais fácil do que instalar a série 4.4 em seu sistema atual e, em seguida, tentar desanuviar qualquer outra coisa que a pilha HWE trouxesse.
No entanto, pode funcionar se você:
1) Instale os drivers proprietários da Nvidia primeiro. Pegue os que trabalham e lide com CUDA.
2) Use os arquivos .deb (locais) para instalação em vez dos arquivos .run. O download do cuda 8.0 já está legado e pode ser encontrado no link O download do cudnn é do link
dpkg -i ...deb
deve fazer isso.
3) Instale o pacote cuda nos repositórios do Ubuntu. Isso deve trazer o pacote cuda-toolkit e a maioria dos pacotes de biblioteca CUDA que você precisa. Note que algumas amostras podem precisar de bibliotecas adicionais, mas a maioria será executada com o acima.
Você parece estar perdendo os cabeçalhos necessários do kernel - eles são normalmente encontrados em / usr / src / linux-headers-4 ...., não o que você especificou. Não há nada para especificar assim para a instalação .deb, então eu não sei o que você precisa lá (algum requisito de arquivo .run?). De qualquer forma, o link acima tem instruções para alterar as variáveis PATH e LD_LIBRARY_PATH para pegar os binários e bibliotecas CUDA necessários.