Se o aplicativo já estiver em execução, ele será exibido no painel de ativação, à esquerda, e você poderá simplesmente mudar para ele clicando no ícone do aplicativo.
Se uma "nova instância" de um aplicativo é criada, no entanto, depende inteiramente do próprio aplicativo ter implementado o IPC para ser executado como uma única instância e ser projetado para funcionar dessa maneira. Vários aplicativos fazem isso, mas muitos não fazem isso.
Se o aplicativo em questão tiver um argumento de linha de comando para criar uma nova janela (como a opção --new-window para Chromium ), você poderá copiar o arquivo .desktop do aplicativo em /usr/share/applications/ em ~/.local/share/applications/ e edite-o para adicionar esse argumento à linha Exec= padrão no arquivo. Isso fará com que ele abra uma nova janela (ou guia, ou qualquer outro comportamento de sua preferência) sempre que você clicar no ícone do aplicativo no escopo do aplicativo no painel.