Estou tendo o mesmo problema no meu Ubuntu (todas as versões) em inicialização dupla com o Windows 10 e a pasta OneDrive em uma partição NTFS compartilhada. Parece que os clientes do Windows 8.1 / 10 OneDrive criam algum tipo de volume virtual, enquanto a pasta no disco é apenas um novo tipo de ponto de nova análise para esse volume.
Eu compilei e instalei o plug-in NTFS 3g projetado especificamente para o OneDrive ( basta procurar por onedrive na página)