Primeiro você deve tentar instalar drivers USB3 apropriados no Windows, procurá-los em seu site de fabricantes de placas-mãe / laptops. Se isso não resolver o problema, leia como solucionar esse problema:
Não consegui encontrar o mesmo problema com a inicialização dupla na Web, mas encontrei problemas semelhantes com o Windows não detectando as portas USB3, e alguns problemas USB do Linux semelhantes quando os USBs são detectados apenas após a suspensão. Para ambos os problemas, a solução (ou mais provavelmente uma solução alternativa) é ir para o BIOS e
- altere o Modo pré-inicialização XHCI de auto para desativado ou
- altere o Modo XHCI de Smart Auto para auto
De aqui e aqui são algumas explicações:
Smart Auto
Este modo está disponível somente quando o BIOS suporta o controlador xHCI no ambiente de pré-inicialização. Esse modo é semelhante ao Auto, mas adiciona a capacidade de rotear as portas para xHCI ou EHCI de acordo com a configuração usada nas inicializações anteriores (para inicialização não-G3) no ambiente de pré-inicialização. ... Se você reinicializar o sistema operacional, durante a fase de reinicialização do BIOS, o BIOS é "inteligente" o suficiente para evitar o downgrade da porta USB 3.0 para a funcionalidade 2.0 antes da carga do driver do OS USB 3.0. Portanto, o Smart Auto é mais rápido que o Auto na segunda inicialização.
Modo XHCI = Auto
A porta USB 3.0 integrada funciona como uma porta 2.0 antes do carregamento do driver OS USB 3.0. Se você reinicializar o sistema operacional, a porta USB 3.0 integrada funcionará novamente como uma porta 2.0 durante essa fase de reinicialização do BIOS antes do carregamento do driver do OS USB 3.0.
Acho que isso resolverá seu problema. Mas provavelmente isso é apenas uma solução alternativa, acho que um dos seus drivers USB3 é o culpado. Eu gostaria que fosse o seu driver do Windows. Você deveria fazer alguns testes de velocidade nas suas portas USB3 se eles fornecerem velocidades USB3 adequadas no Windows e no Linux, ambas com as opções do BIOS ativadas ou desativadas.