Você deve ser capaz de instalar o Ubuntu na partição de disco como você instalou no pendrive.
Dependendo se você deseja ou não manter seus dados na partição do disco, considere a exclusão do conteúdo:
- você pode excluir seu conteúdo recriando o sistema de arquivos nessa partição f.ex. com
mkfs.ext4
- mas, claro, você perderá ou seus dados nessa partição
- por outro lado, você começará com conteúdo limpo sem nenhum (inútil) vestígio
Até onde eu sei, o Ubuntu preservará a partição do Windows e o boot (você deve procurar por isso na internet), então você deve estar bem.