Esse problema parece irritantemente intermitente. Às vezes, eu construo um projeto e todos os erros na lista de problemas dizem "arquivo não encontrado". Eu verifiquei triplamente o arquivo existe. O comando make imprime um erro para um caminho relativo e tanto o "diretório de trabalho" quanto o "diretório de construção" mais o caminho relativo do arquivo existe, ainda que o qtcreator diga que não.
Acontece que o arquivo tem que fazer parte do projeto qtcreator. Isso geralmente acontece logo após um novo arquivo ter sido criado externamente para o qtcreator. Para corrigir, clique com o botão direito do mouse no projeto, escolha "editar arquivos" e adicione os novos arquivos.