Demorei um pouco para chegar lá ...
Se você já sabe o que deseja definir no resolv.conf, você pode simplesmente
escreva suas configurações em /etc/systemd/resolved.conf
com seu editor favorito.
sudo nano /etc/systemd/resolved.conf
Apenas descomente DNS e domínios , insira os IPs e searchdomains (em branco separados) e reinicie o systemd-resolv ou reinicialize seu host.
# This file is part of systemd.
#
# systemd is free software; you can redistribute it and/or modify it
# under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by
# the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License, or
# (at your option) any later version.
#
# Entries in this file show the compile time defaults.
# You can change settings by editing this file.
# Defaults can be restored by simply deleting this file.
#
# See resolved.conf(5) for details
[Resolve]
DNS=<IP> <IP>
#FallbackDNS=
Domains=<domain> <domain>
#LLMNR=yes
#MulticastDNS=yes
#DNSSEC=no
#Cache=yes
#DNSStubListener=udp
O NetworkManager deve poder modificar o DNS. Não tenho uma VPN para testar, mas consegui acrescentar servidores de nomes com NM na minha conexão com fio.