Você pode filtrar arquivos para fora do diretório de estágio, assim:
parts:
part1:
[...]
part2:
[...]
stage:
- -file_that_conflicts_1
- -file_that_conflicts_2
Provavelmente, você precisa escolher os arquivos de uma das partes que acabarão no snap e filtrar as duplicatas da outra parte.
Você pode ler mais sobre como limitar o número de arquivos instalados aqui: link