@ i08in link parece fazer o trabalho.
Isso é o que eu acabei fazendo no meu Debian jessie, o KDE.
/etc/pm/sleep.d/20_xmodmap.sh
case "" in
resume|thaw)
su $USER -c "sleep 3; /usr/bin/xmodmap /home/$USER/.Xmodmap" &
;;
esac
Nota: A princípio, pode parecer que não funciona, mas apenas dê um minuto ou mais. Parece haver algo com o X que impede esse atraso, embora eu não tenha me importado o suficiente para verificá-lo ... Veja link para mais informações.