Agora estou tendo o mesmo problema com uma configuração idêntica de 1 semana atrás (28/9/16) quando não houve erro. Minha instalação é quase o mesmo que o op, exceto que estou usando amd64.
Eu ofereço a solução que usei como band-aid até que o bug subjacente seja corrigido.
SOLUÇÃO:
1. change the word 'dist-upgrade' to 'update' in
/usr/lib/python2.7/dist-packages/VMBuilder/plugins/ubuntu/dapper.py
2. delete /usr/lib/python2.7/dist-packages/VMBuilder/plugins/ubuntu/dapper.pyc
Agora execute novamente o vmbuilder. Eu ainda tenho alguns erros / avisos, mas construiu muito bem.
Reconhece que isso não corrigiu o problema subjacente, mas permite que você use por enquanto: vmbuilder com 16.04.