Parece que o rsync faria o que você quer.
Você também pode tentar o unison , que usa "uma versão do protocolo rsync" (a partir das páginas man). O unison-gtk está disponível como uma versão gráfica em cima do uníssono que você pode querer experimentar.
Por outro lado, se você quiser fazer backups em intervalos regulares (por exemplo, com o agendamento feito pelo cron), você pode querer olhar para rsnapshot .
Eu acho que a diferença entre os dois últimos depende de como você os usa, mas basicamente, unison (-gtk) irá ajudá-lo a sincronizar entre dois computadores. O rsnapshot irá tirar vários instantâneos em intervalos regulares usando o cron (ou seja, diariamente, semanalmente, etc.); o espaço em disco usado é aproximadamente as alterações nos arquivos entre os instantâneos - não muito.
Talvez um dos dois ou uma combinação dos dois seja o que você procura. De certa forma, ambos são bastante semelhantes ao rsync, no entanto. O sftp (até onde eu sei) apenas transfere os arquivos. Outros programas semelhantes podem ser scp ou FileZilla , mas não parece que é o que você está procurando. Você pode querer usar o sftp / scp / FileZilla pela primeira vez para que o computador não perca tempo calculando diferenças de arquivo. Talvez você possa jogar com essas opções com um pequeno diretório antes de se comprometer com uma opção.
Tenha cuidado para que seu tempo esteja definido corretamente. Um problema com os programas de sincronização é se ele acha que o lado para o qual você está transferindo é mais recente - então, tudo do lado da fonte é excluído. Proceda com cuidado e triplique a verificação antes de clicar em "ok".