Isso pode acontecer se o subsistema "inotify" ficar sem as alças. A execução de python -mpyinotify /path/to/folder
deve exibir as solicitações para o sistema de arquivos que todos os aplicativos podem ver. Caso isso não funcione, nem outras aplicações.
O caso mais provável de ficar sem manipuladores de inotificação é que alguns aplicativos (por exemplo, Dropbox ou Ubuntu One) estão rastreando as alterações nos diretórios.
Nesse caso, você precisará aumentar o valor do parâmetro fs.inotify.max_user_watches
sysctl.